ゲーム中の操作にはキーボードか DirectInput に対応した ゲームコントローラが使用できますが、ゲームの性質上、 後者で遊ぶことをお勧めします。
ゲームコントローラを使用する場合は、あらかじめ、 コントロールパネル → ゲームコントローラ で正しく使える状態に 設定しておいてください。
主な操作方法は以下のとおりです。
| スティック↑ | メニュー画面で、選択項目を上に移動 | |
| スティック↓ | メニュー画面で、選択項目を下に移動 | |
| スティック← | ゲーム中で、主人公を左に移動 | |
| スティック→ | ゲーム中で、主人公を左に移動 | |
| 1 ボタン, 3 ボタン | メニュー画面では、項目の選択に使用 ゲーム中では、ジャンプボタン （デフォルトの場合） | |
| 2 ボタン, 4 ボタン | メニュー画面では、階層をひとつ上に戻る(キャンセル)
ゲーム中では、攻撃ボタン （デフォルトの場合） | |
| 6 ボタン | ゲーム全体を一時停止 もう一度押すと解除します。 |
| カーソル↑, テンキー8 | ゲームパッドのスティック↑と同じ | |
| カーソル↓, テンキー2 | ゲームパッドのスティック↓と同じ | |
| カーソル←, テンキー4 | ゲームパッドのスティック←と同じ | |
| カーソル→, テンキー6 | ゲームパッドのスティック→と同じ | |
| Z キー | ゲームパッドの 1 ボタンと同じ | |
| X キー | ゲームパッドの 2 ボタンと同じ | |
| C キー | ゲームパッドの 3 ボタンと同じ | |
| V キー | ゲームパッドの 4 ボタンと同じ | |
| F1 〜 F5 キー | 画面の解像度モードを設定 メニューのコンフィグでも設定できます。 | |
| F6 キー または ALT + ENTER キー | フルスクリーンとウィンドウモードの切り替え | |
| F7 〜 F9 キー | 音源の再生周波数モードを設定 メニューのコンフィグでも設定できます。 | |
| F11, F12 キー | 再生モードのステレオ・モノラルを設定 メニューのコンフィグでも設定できます。 | |
| ESC キー | ゲームを終了する | |
| ScrollLock キー | ゲーム全体を一時停止 もう一度押すと解除します。 | |
| Pause キー | タイトル画面に戻る これはおまけの機能なので、 !! これを押した後の動作は保証できません !! 予期せずゲームが正常に動作しなくなる 可能性があります。 | |
| Tab キー | イベントをスキップする（一部のみ） ストーリーモードで使用できます。 |